La Iglesia de Santa María del Puerto, che risale al XIII secolo, fu costruita nello stesso luogo di un precedente monastero benedettino dell'VIII secolo, che a sua volta si dice sia stato costruito nel luogo in cui si trovava una chiesa fondata da Santiago stesso nell'anno 37.
Il monumento al porto è dedicato al più importante cartografo del XV secolo, un certo Juan de la Cosa. Il suo nome probabilmente non ti dice nulla, ma questo è un uomo di cui i libri di testo si sono dimenticati di parlarti. A lui si attribuisce il merito di aver creato la prima mappa delle Americhe (un'opera commissionata dai Re Cattolici) e l'unica ad essere stata creata da qualcuno che ha assistito in prima persona al primo viaggio di Colombo. Juan era il capitano e il proprietario della Santa María.
Cinque secoli dopo che Juan de la Cosa lasciò Santoña per il nuovo mondo in nave, il suo omologo del XX secolo tornò in aereo. Charles Lindbergh atterrò con l'Albatros al largo della costa nel 1933, costretto dal maltempo a scendere mentre era in rotta verso Lisbona. La città non badò a spese per ospitare lui e sua moglie.