Burgos fu fondata alla fine del IX secolo nel tentativo di ripopolare queste pianure del nord. Dall’espulsione dei moriscos (verso la fine dell’XI secolo) divenne velocemente una delle città più importanti di Castiglia. Qui, i sovrani cattolici Isabella e Ferdinando accolsero Cristoforo Colombo dopo il suo secondo viaggio nel nuovo mondo, e sempre qui il generale Francisco Franco venne pubblicamente proclamato Generalísimo nel 1936, facendo di Burgos la base operativa della sua dittatura fino alla fine della guerra civile.
Situata lungo il meraviglioso Río Arlazon, la città venne costruita con delle mura enormi e dei cancelli ancora più imponenti. Nonostante questo, il territorio di Burgos (e più in generale di Castiglia) fu a lungo conteso. La causa scatenante della maggior parte delle battaglie fu il testamento di re Ferdinando I, il quale, nonostante si fosse rivelato un saggio governante dei territori del nord, non era stato abbastanza arguto da disporre un’equa ripartizione della propria eredità. Dispose soltanto che alla sua morte il nord venisse diviso in tre regioni, ciascuna delle quali governata da un erede diverso.
Alfonso IV ricevette León, García la Galicia, Sancho II la Castilla e sua figlia Urraca la città di Zamora.
Ciò portò a ulteriori conflitti territoriali e alla fine fu Alfonso a regnare sulla totalità delle terre, incoronato imperatore della Penisola Iberica. Ciò accadde alla fine del XI secolo; a quel punto la ricchezza raggiunta sotto il governo di Alfonso grazie ai pedaggi di tutta la penisola fu investita nella costruzione di sfarzosi palazzi e della Cattedrale, che catapultò Burgos verso un’ulteriore prosperità.
Burgos è anche la città natale di El Cid, feroce guerriero e scaltro politico. Venne bandito dalla città da re Alfonso perché aveva rifiutato di testimoniare sotto giuramento che il sovrano fosse innocente rispetto alla morte del fratello Sancho. El Cid declinò oltretutto l’invito di tornare e combattere per Alfonso, decidendo invece di dirigersi ad est a Valencia, dove con qualche sotterfugio riuscì ad instaurare un regno suo. È seppellito nella Cattedrale.