Burgos a été fondée à l'origine à la fin du 9ème siècle dans le but de repeupler ces plaines du nord. À partir des expulsions des musulmans (vers la fin du 11e siècle), elle est rapidement devenue l'une des villes les plus importantes de Castille. C'est ici que les rois catholiques Isabel et Ferdinand ont accueilli Christopher Colomb après son deuxième voyage vers le nouveau monde, et c'est ici que le général Francisco Franco a été publiquement proclamé Generalísimo en 1936 et qui servira de base d'opérations aux dictateurs jusqu'à la fin de la guerre civile.
Pour la première fois dans l'histoire de l'Espagne, la ville a été fondée par un groupe d'hommes et de femmes qui se sont succédés à la tête de la ville.
Située le long du merveilleux río Arlanzon, la ville a été construite avec des murs massifs et des portes encore plus massives. Malgré cela, le territoire de Burgos (mais plus précisément de la Castille) était largement disputé. Le germe d'une grande partie des combats était la volonté du roi Fernando-I, qui, bien qu'assez sage pour régner sur les régions du nord, n'était pas très habile dans la gestion de son domaine. Il a choisi de diviser le nord en trois régions à sa mort, chaque région allant à un héritier différent.
Alfonso VI reçut León, García reçut Galicia, Sancho II reçut Castilla, et sa fille Urraca reçut la ville de Zamora.
D'autres conflits fonciers ont suivi et c'est finalement Alphonse qui a régné sur l'ensemble du territoire et a été couronné empereur de la péninsule ibérique. C'était à la fin du XIe siècle, et les richesses collectées par Alphonse grâce aux tarifs douaniers dans toute la péninsule ont été transformées en palais et en cathédrale, catapultant Burgos dans la prospérité.
Burgos est également le lieu de résidence d'El Cid, un guerrier féroce, et un politicien rusé. Il fut banni de la ville par le roi Alfonso pour l'avoir forcé à prêter un serment attestant de son innocence dans la mort de son frère Sancho. El Cid finira par refuser une invitation à revenir se battre pour Alfonso, et se rendra plutôt à l'est, à Valence, où il manœuvrera lui-même pour créer son propre royaume. Il est aujourd'hui enterré dans la cathédrale.
