La Iglesia de Santa María del Puerto, que data del siglo XIII, fue construida en el mismo lugar que un monasterio benedictino anterior del siglo VIII que a su vez se rumorea que fue construido en la ubicación de una iglesia fundada por el propio Santiago en el año 37.
El monumento en el puerto está dedicado al cartógrafo más importante del siglo XV, un tal Juan de la Cosa. Su nombre probablemente no suene, pero aquí hay un tipo del que los libros de texto se olvidaron de hablarte. Se le atribuye haber creado el primer mapa de las Américas (una pieza encargada por los Reyes Católicos), y el único que ha sido creado por alguien que presenció de primera mano el primer viaje de Colón. Juan era el capitán y el propietario del Santa María.
Cinco siglos después de que Juan de la Cosa dejara Santoña para el nuevo mundo en barco, su homólogo del siglo XX regresó en hidroavión. Charles Lindbergh desembarcó Albatros frente a la costa en 1933, obligado por el clima mientras se dirigía a Lisboa. La ciudad no escatimó gastos para acomodarlo a él y a su esposa.