Burgos wurde ursprünglich Ende des 9. Jahrhunderts gegründet, um die nördlichen Ebenen wieder zu besiedeln. Nach der Vertreibung der Muslime (gegen Ende des 11. Jahrhunderts) wurde sie schnell zu einer der wichtigsten Städte Kastiliens. Hier hießen die katholischen Könige Isabel und Ferdinand Christopher Columbus nach seiner zweiten Reise in die Neue Welt willkommen, und hier wurde General Francisco Franco 1936 öffentlich zum Generalísimo ausgerufen und die Stadt diente dem Diktator bis zum Ende des Bürgerkriegs als Operationsbasis.
Die Stadt, die am wunderschönen Río Arlanzon liegt, wurde mit massiven Mauern und noch massiveren Toren gebaut. Trotzdem war das Gebiet von Burgos (oder besser gesagt von Kastilien) sehr umstritten. Der Grund für einen Großteil der Kämpfe war der Wille von König Fernando-I, der zwar weise genug war, um über die nördlichen Regionen zu herrschen, aber nicht allzu klug darin war, seinen Besitz zu verwalten. Er beschloss, den Norden nach seinem Tod in drei Regionen aufzuteilen, wobei jede Region an einen anderen Erben ging.
Alfonso VI erhielt León, García erhielt Galicia, Sancho II erhielt Castilla, und seine Tochter Urraca erhielt die Stadt Zamora.
Weitere Landstreitigkeiten folgten und am Ende war es Alfonso, der über das gesamte Gebiet herrschte und zum Kaiser der Iberischen Halbinsel gekrönt wurde. Das war Ende des 11. Jahrhunderts, und der Reichtum, den Alfonso aus den Zöllen auf der ganzen Halbinsel eintrieb, wurde in Paläste und eine Kathedrale investiert und katapultierte Burgos in den Wohlstand.
Burgos ist auch die Heimat von El Cid, einem wilden Krieger und gerissenen Politiker. Er wurde von König Alfonso aus der Stadt verbannt, weil er ihn gezwungen hatte, einen Eid abzulegen, der seine Unschuld am Tod seines Bruders Sancho bescheinigte. El Cid lehnte schließlich eine Einladung ab, zurückzukehren und für Alfonso zu kämpfen, und reiste stattdessen nach Osten, nach Valencia, wo er sich ein eigenes Königreich errichtete. Er ist heute in der Kathedrale begraben.