Burgos blev oprindeligt grundlagt i slutningen af det 9. århundrede i et forsøg på at genbefolke disse nordlige sletter. Efter muslimernes fordrivelse (omkring slutningen af det 11. århundrede) blev den hurtigt en af Castillas vigtigste byer. Det var her, at de katolske konger Isabel og Ferdinand bød Christopher Columbus velkommen hjem efter hans anden rejse til den nye verden, og det var her, at general Francisco Franco offentligt blev udråbt til generalísimo i 1936, og som skulle tjene som diktatorens operationsbase indtil borgerkrigens afslutning.
Byen ligger langs den vidunderlige río Arlanzon og blev bygget med massive mure og endnu mere massive porte. På trods af dette var territoriet i Burgos (men mere præcist Castilla) meget omstridt. Kimen til mange af kampene var Kong Fernando-Is vilje, som selvom han var klog nok til at herske over de nordlige regioner, ikke var alt for klog til at forvalte sit gods. Han valgte at opdele Norden i tre regioner ved sin død, hvor hver region gik til en anden arving.
Alfonso VI modtog León, García modtog Galicia, Sancho II modtog Castilla, og hans datter Urraca modtog byen Zamora.
Flere landstridigheder fulgte, og til sidst var det Alfonso, der regerede over hele territoriet og blev kronet som kejser af Den Iberiske Halvø. Det var i slutningen af det 11. århundrede, og den rigdom, som Alfonso indsamlede fra toldafgifter på hele halvøen, blev forvandlet til paladser og en katedral, hvilket katapulterede Burgos ind i velstand.
Burgos er også hjemsted for El Cid, en barsk kriger og snu politiker. Han blev forvist fra byen af kong Alfonso, fordi han havde tvunget ham til at aflægge en ed på, at han var uskyldig i sin bror Sanchos død. El Cid afslog til sidst en invitation til at vende tilbage og kæmpe for Alfonso og rejste i stedet østpå til Valencia, hvor han manøvrerede sig ind i sit eget kongerige. Han er nu begravet i katedralen.